През 40-50-те години на XIV в. цар Иван Александър се изявява като ревностен поборник на православната вяра. Тогава са написани най-много книги, като заедно с блестящо илюстрираните Манасиева хроника и Лондонско евангелие, от това време са запазени още девет ръкописа. В тях царят е славен като „Христолюбив" и „благоверен" меценат на книжовния живот. По негова заповед са построени и ремонтирани редица манастири и църкви. Известен е случаят с монасите аскети от Парорийската пустиня в Странджа, на които построил кула, за да ги брани срещу нападенията на турците.
След като агаряните унищожават техните обители там, той приема Теодосий Търновски и ученика му Роман и ги заселва в Килифарево, недалеч от столицата. Според Житието на Теодосий Иван Александър им издигнал нова църква и манастирско укрепление. Спомен за дарителската дейност на царя са три частично съхранени ктиторски портрета в обновените или изцяло издигнати Костница на Бачковския манастир, църквата в с. Беренде край Годеч и скалния храм „Църквата" в каньона на река Русенски Лом.
Ярка представа за тази дейност дават запазените златопечатни грамоти като Зографската от 1342 г. за българския манастир „Св. Георги" на Атон и написаната на 1 декември 1347 г. Мрачка (Оряховска), уреждаща имотите на манастира „Св. Никола" между Радомир и Кюстендил. Други два документа от 30-40-те години на века са предназначени за църкви в завладения след битката при Русокастро Несебър. През 1354 г. златопечатна грамота е дадена на крайморския манастир „Св. Никола" при крепостта Емона. В тези години е изграден и надарен с имоти Драгалевския манастир „Св. Богородица Витошка" край София, което е споменато в известния хрисовул на цар Иван Шишман от 1378 г. Според него обителта била „..създадена, сътворена и украсена от родителя на моето царство, светопочившия цар Иван Александър."
През първите години на своето управление владетелят бил вярващ християнин, но не и религиозен фанатик. Към средата на столетието той е завладян от идеите на исихазма – радикално мистично направление в православието, често критикувано от официалната църква. Негови главни проповедници са Григорий Палама и Григорий Синаит, на който цар Иван Александър държи особено. Може би този религиозен устрем е бил повлиян от семейните драми, защото точно тогава царят губи двама сина и разрушава целия си предишен живот, изгонвайки съпругата си и женейки се за еврейка. От друга страна задаващото се турско нашествие и епидемията на ужасната „Черна смърт" - чумата подтикнали мнозина към неверие и отричане на официалните догми.
Така през 50-те години на XIV в. столицата на България буквално кипи от идеологически спорове, което е добре описано в Житието на Теодосий Търновски от Вселенския патриарх Калист. Първи бил монахът Теодорит, интелигентен човек и лекар по професия, но вместо да „...се залови с работата на своето изкуство, той започнал да сее плевелите на Акиндиновото и Варлаамово нечестие." За разлика от исихастите, които смятали, че Бог може да се постигне чрез вяра и безмълвие, дошлият от Калабрия монах Варлаам търсел висшата сила чрез разума и езическата философия, а идеите му поддържали Григорий Акиндин и интелектуалецът Никифор Григора.
Варлаамитството е отречено в Цариград още в 40-те години на века, но намира добър прием в Търново. Теодорит „...мамеше простия народ, но най-вече бележитите и славните в столицата." Мнозина от гражданите тръгват подир него, принасят езически жертви и се кланят на дървета. Исихастът Теодосий обаче разгромил учението на Теодорит и го изгонил от столицата, а цар Иван Александър е впечатлен от речите на духовника и построил за исихастите в Килифарево нова църква и манастирска кула.
След това в Търновград идват двамата атонски монаси Лазар и Кирил Босота, които изгонили от Света гора заради разпространяването на „месалианска, богомилска, адамитска и иконоборска ерес." Описаната от патриарх Калист картина е наистина апокалиптична. Лазар се правел на луд по улиците на столицата и ходел напълно гол и с кратуна на половия орган. Кирил публично тъпчел кръста и светите икони и хулел светците. Той се напивал по домовете на гражданите, учел мъже и жени да се съвкупяват безразборно, а ученикът му поп Стефан не отстъпвал в сквернословията.
За да излекува обществото, цар Иван Александър свиква през 1350 г. църковен събор, на който „божественият Теодосий" смазал с аргументи еретиците. Засрамен, Лазар разбрал своята заблуда и прекарал остатъка от живота си в покаяние. Кирил Босота и поп Стефан обаче не се признават за виновни и затова „благочестивият цар заповяда да им изгорят лицата с нажежени железа и да ги изгонят из пределите..."
Особено тежък бил сблъсъкът на Иван Александър с общността на своята втора съпруга – евреите. Калист пише, че юдеите „дръзваха да безчестят и свещениците, да се присмиват и на монасите.....А причината за цялата тяхна беззаконна дързост беше надеждата им на новопокръстената Теодора, която бе от техния еврейски род." Те обаче грешели, защото царицата станала ревностна християнка, строяла църкви и манастири и не позволявала хула срещу православната вяра. А царят реагирал веднага и през 1360 г. свикал тържествен църковен събор, станал апотеоз на православието. В новия дворец на Царевец в Търново се събрал елитът на царството. Заседанията се водели от цар Иван Александър, патриархът и синовете Иван Шишман и Иван Асен V.
Започнал като акция срещу евреите, съборът се превърнал в осъждане на всички разтърсващи България ереси. Потвърдени са догмите на православието, а категорично са отречени ученията на богомили и последователите на Варлаам и Акиндин. Изправените пред съда еврейски хулители са осъдени на смърт, но после царят ги помилвал, заменяйки присъдата с мъчения. Съборът завършил с подписване на нарочен златопечатан документ. Калист отделя специално внимание на този акт: „По заповед на царя, на патриарха и на целия събор бе написан свитък с удостоверение и потвърждение пред следващите поколения.....щото никой евреин да не смее по какъвто и да е повод да извърши каквото и да било срещу истинната и благочестива наша вяра.....Свитъкът бе подписан от царя с червени букви и подпечатан с печата на царя в 28-та година от неговото царуване, а от Сътворението на света 6868 (1360 г.)"
Православието било значително по-толерантно от католицизма към еретиците. Налагането на толкова жестоки мерки от българския владетел има своето обяснение в проблемите, сполетели в средата на XIV в. царското семейство и цялата държава. В последно време все повече се обосновава тезата, че съборите не били насочени толкова срещу еретиците, колкото срещу хората, скъсали с църквата и морала при епидемията от чума. Евреите направо са обвинени в разпространението на „Черната смърт", а започналите турски нашествия в Тракия също били възприемани като Божие наказание.
Двата събора в Търново издигнали много авторитета на водача на исихастите – „божествения Теодосий". Той помолил царя да го премести от Килифарево по-близо до столицата. Иван Александър приел с радост и го заселва недалеч от дворците си в скалите на каньона на река Янтра, където днес се издига манастирът „Св. Троица". „Там направиха най-напред стълба - пише патриарх Калист, - а после красива църква и килии, като царят сам носеше пясък в скута си на три поприща разстояние поради стръмнината на мястото, като накара и всички свои велможи....."
Това е апогеят на религиозната ревност, обхванала Иван Александър. През 2024 г. на руините на строения лично от него манастир се натъква екипа на археолога Хитко Вачев. Останките на църквата със сложна засводена конструкция и керамопластична украса показва едно от най-добрите постижения на Търновската архитектурна школа.
