В края на живота си Иван Александър е предаден от свой фаворит
През 1354 г. османската армия стъпва трайно в Европа, преминавайки пролива Дарданели. Първата голяма офанзива дава на турците значителна част от Източна Тракия, Родопите и Беломорието. Нападенията на ордите им достигат до Комотини и Ксанти, овладени са и Източните Родопи. Най-големият византийски център в Тракия, Адрианопол (Одрин), се оказва в почти пълна блокада, а положението на българските градове в Тракия и по Черно море не било по-добро. През март 1362 г. синът на Осман умира Орхан, синът на основателя Осман, но това не довежда до отслабване на османския натиск. На престола се възкачва синът му Мурад І Худавендигяр, което в превод означава „Богоподобен". Именно той става пръв султан и да направи огромни завоевания в Европа и Азия.
Тези събития би трябвало да доведат до мобилизация и обединение между балканските владетели пред страшната турска опасност. Вместо общи действия срещу османците, между България и Византия избухва препирня по един сравнително незначителен въпрос. Впрочем проблемът може би не е толкова маловажен, защото в случая вероятно бил замесен един приближен духовник на цар Иван Александър, исихастът Теодосий Търновски. През предишните години българският владетел вярвал във всичко на своя фаворит, той ръководел църковни събори, строял църкви и манастири и до голяма степен направлявал политиката.
Всичко започва с едно писмо на Вселенския патриарх Калист от 1361/1362 г. до двама неназовани духовници - йеромонах и монах от столицата Търновград, като първият вероятно е самият Теодосий. Документът е в отговор на доклад-прошение от тези иноци, който днес не е запазен. В него главата на Вселенската църква в прав текст критикува българския патриарх Йоаникий ІІ, че не спазвал православните канони. Българските свещеници не кръщавали децата според правилата, а в църквите не използвали свещено миро, приготвено в цариградската „Св. София". Но главното обвинение е, че в службите българските духовници не споменавали имената на първите четирима православни патриарси - цариградския, александрийския, антиохийския и йерусалимския. И тук Калист директно обижда българския архиерей и целия клир, че нему било дадено право да се нарича патриарх само по снизхождение и по молбата на българския цар. Той не бил равен с другите православни патриарси, а се явявал подведомствен на Константинопол. Калист направо заплашва, че ако не се вземат мерки, щял да изпълни своя дълг – вероятно обявяване на схизма, т. е. отлъчване на българската църква.
Това бил явен опит за намеса във вътрешните работи на царството. Не е известна реакцията на Иван Александър, нито тази на Синода в Търновград. Известна информация дава Житието на Теодосий Търновски от патриарх Калист. След всички добрини, направени му от царя, исихастът неочаквано решава да напусне длъжността на игумен и първи съветник на владетеля. Заедно с четирима свои ученика той се отправя към византийската столица, като формален повод бил влошеното му здраве. Самият Калист обаче подчертава истинските причини: „.да ме види като Вселенски патриарх и да получа благословение; друго като съученик, [с когото] единомислено послужихме на общия ни отец, блажения Григорий Синаит; и трето да получи дара и духовното благословение на светейшата Божия Църква и нейния свещен Синод, както сам казваше в своето писмо."
От Житието става ясно също, че между двамата е съществувала редовна преписка, провеждана въпреки сериозните различия на двете църкви. Получавайки писмото, Калист изпитал огромна радост и веднага информирал своя Синод. След пристигането на Теодосий в Константинопол, той е настанен в покоите на Калист. Двамата веднага започват да обсъждат канонични въпроси, сред които е и този за светото миро от „Св. София". И тогава българинът изповядва пред патриарха, че „не е сигурен по отношение на помазанието с великото свето миро поради далечното разстояние и недостига на великото миро и молеше добрия пастир да му даде просветителното помазание (...), затова Теодосий и учениците му бяха помазани от патриарха, както има обичай да помазва светата Божия Църква."
Този пасаж не оставя съмнение кой е писал доноса до Вселенския патриарх няколко месеца по-рано. Вместо да защитава българската църква и интереси, Теодосий Търновски застава на страната на ромеите. Житието на Калист показва и какво е било отношението на българската страна към самоволното напускане на манастира от Теодосий. Монахът отпътувал с учениците си, „въпреки че търновският патриарх никак не беше съгласен." Мнението на цар Иван Александър едва ли е било различно и явно се чувствал предаден от своя фаворит.
Теодосий Търновски умира на 27 ноември 1363 г., а веднага след това византийският император Йоан V Палеолог неочаквано предприема поход срещу българските крепости по черноморското крайбрежие. Хронистът Йоан Кантакузин не определя точно причината – „...защото имаше някакъв спор между него и царя на мизите (българите – Н. О.) Александър." Логично е да се запитаме дали не става дума за описаните теологични спорове, които били видимата част от айсберга на политическите противоречия между България и Византия?
Така избухва войната, станала последна във вековното съперничество между двете империи. Василевсът завладява Анхиало и обсажда Месемврия (Несебър) откъм сушата. Там построява кула на водещия към крепостта провлак, а византийският флот блокира крепостта откъм морето. Последвалата обсада е тежко изпитание за жителите на града: „Големият недостиг на вода измъчваше защитниците много – разказва Йоан Кантакузин, - защото те черпеха вода от някакъв извор извън града. Тогава обаче, възпирани от ромейската войска, използваха каквато вода имаше в града – в малко количество и лоша."
Иван Александър прави всичко възможно, за да помогне на бранителите. Първо им изпраща войски от собствената си армия. После за пръв път по примера на Йоан Кантакузин използва турски отряди „като ги привлича с пари." Битката става твърде ожесточена, защото самите ромеи се оказват притиснати от две страни пред крепостта. Обрисуваната от летописеца картина е ясна – „императорът обсаждаше усърдно защитниците и се сражаваше упорито срещу външните неприятели." Закономерно накрая се стига до мирни преговори, след които Йоан V Палеолог разрушава кулата, сваля обсадата и се оттегля. Цар Иван Александър му възстановява изразходваните за войната средства и между двете страни се установява крехък мир. До поредното настъпление на турците.
