Той обявява княз Фердинанд за незаконен и изхвърля името му от черковните литургии
Под натиска на министър-председателя Стефан Стамболов на 24 юли 1893 г. търновският митрополит Климент Браницки е осъден на доживотно заточение в Гложенския манастир. След обжалването пред Апелативния съд срокът е намален на 3 години. Формалният повод за присъдата е, че синодалните старци повеждат борба срещу “католика цар Фердинанд” и в защита на православието. А истинският е, че още от Учредителното събрание през 1879 г., та до 1893 Антим I, бивш екзарх в Цариград, а след Освобождението - видински митрополит, врачанският Константин, варненският Симеон, Доростоло-Червенският Григорий и самият Климент не могат да сложат ред в църковните дела и се обявяват срещу всяко едно правителство.
Още през 1879 г. митрополитите казват, че църквата не може да е независима, щом е подчинена на екзарх и искат нашата църква да има отношения с княжеството и руския Свети синод.
Освен това Климент е убеден русофил и защитник на Търновската конституция. Когато Батенберг я суспендира, той връща ордена “Гражданска заслуга”.
Самият митрополит Климент пък е писателят Васил Друмев, автор на повестта “Нещастна фамилия” и драмата “Иванко, убиецът на Асеня.”. Той е роден през 1841 г. в Шумен. Под давлението на дядо Григорий става ученик в Духовната семинария в Одеса. Напуска я да участва в Първата българска легия, после я завършва през 1865 г. От 1869 година е председател на книжовното дружество в Браила, чийто наследник днес е БАН. През 1873 г. дядо Григорий го убеждава да стане монах под името Климент. Само за 9 месеца става митрополит. През 1881 г. е министър-председател и за управлението му Симеон Радев казва, че “добри намерения не му липсваха, но неговото безкрайно тщеславие даваше на политиката му несериозен вид”. И още: “Той смяташе себе си призван за велики дела и се сравняваше в душата си с Ришельо”.
Васил Друмев е популярен и обичан сред народа заради своите литературни произведения и това му дава основания да стане политик. В политиката пък го вкарва Стефан Стамболов, с когото е приятел още от годините, прекарани заедно във Влашко.
Когато на Учредителното събрание през 1879 г. се обсъжда разединението на България от Берлинския договор, което депутатите наричат “общенародния въпрос”, митрополит Климент предлага да се пише молба до Великите сили: “Не само до царя Освободителя, но и до великите други владетели, чиито просвещени държавни мъже в столицата на едно велико царство са скроили днешното ни положение”. Създадена е комисия и той предлага в нея да се включат тракийци и македонци и меморандомът да се подаде от Народното събрание. Когато на 17 април 1879 г. се избира български княз от трите кандидатури на принц Валдемар Датски (тя ще се появи и през 1886 г.), принц Ройс и Александър Батенберг епископ Климент казва: “Да засвидетелствуваме своята признателност към руския народ, да изберем за български княз някой руски княз. Но Негово Величество царят Освободител е изрично забранил това". И вади аргументите защо трябва да се избере княз Батенберг - внук е на руския император - син на брата на Нейно императорско Величество, кръстил го е лично руският цар, участвал е в Освободителната война. И тръгва с делегация към Русия, за да изрази признателността си към император Александър II. В нея са и дядо Антим, тогавашният софийски Митрополит Милетий и екзарх Антим.
Враждата между Климент и Стамболов започва по време на управлението на либералното правителство през 1880 г. заради неуредиците в църквата.
Когато Климент става министър-председател на следващата година, Видинският митрополит Антим го мъмри да остави светските дела на миряните, а “владиците да се захванат с устройството на разстроената църква, да закрепят разклатеното благочестие от иностранната пропаганда и да издигнат падналото богопочитание у народа и у самото духовенство”. Тогава митрополит Климент признава: “Не бях аз за духовно лице, но дядо Григорий да ми тегли греха". Станал веднъж митрополит, той си остава светски човек в желания, действия и страсти, сред които най-предно място заемат политиката и любовта.
През 1887 г. Климент вече е делегат на екзарха и живее в София. Той е смятан от Стамболов за оръдие на руската дипломация и според министър-председателя в дома му се вършело всичко, насочено срещу независимостта на България. През октомври 1887 г. Климент най-напред учтиво е поканен да заеме мястото си в Търново, в своята си епархия и след като отказва, насила е изпратен там. Екзарх Йосиф протестира, но отговорът на министър-председателя е, че може да изпрати в София друг негов човек.
И Стамболов не успява да уреди въпроса с българската църква. През ноември 1888 г. синодалните архиереи Доростолски и Червенски митрополит Григорий, Варненски и Преславски Симеон, Климент Търновски и Константин Врачански пак се събират и заседават, но не уведомяват нито министър-председателя, нито министъра на изповеданията, нито пък най-малко имат намерение да се виждат с княза. Пак Народното събрание си свършва работата, а от синода никакъв намек, че иска да си оправи църковните дела. Основният въпрос, който в продължение на два месеца ги занимавал, бил: Законен ли е княз Фердинанд и трябва ли да се споменава името му при литургии и други черковни ектения. И тогава решават, че след като е избран против волята на Русия, той е незаконен и името му трябва да бъде изхвърлено от черковните литургии. През лятото на 1888 г. митрополит Климент отказва да посрещне княз Фердинанд в своята Търновска епархия. На Архангеловден на службата в София името на Фердинанд не е споменато. Стамболов настоял пред екзарх Йосиф да отмени решението на Светия синод, но и той не счел за нужно да отговори. Тогава министър-председателят заповядва на градоначалника митрополитите да напуснат София и да отидат да служат по местата, в които са избрани.
На 30 декември, навръх новата 1888 година, пред Светия синод спират 3 файтона. Единият откарва варненския Симеон до Вакарел, откъдето продължава с влака за Варна. Във втория е Климент, който през Ботевград и Ловеч отива в Търново, и в третия – Константин, който през Петрохан и Берковица стига във Враца. В битката се включват консерваторите, които пишат прочувствено писмо на екзарха, че е посегнато на всичко свято, чисто и възвишено.
Църквата се разцепва, защото Антим и Григорий осъждат постъпката на останалите архиереи, а Григорий се разкайва заради Климент и Константин, които счита за свои духовни синове. Още щом се прибира в Търново, на 1 януари владиката Климент прави служба и порицава католика, който дошъл в България да погуби праотечествената ни религия, като не оставил неосквернени и самите наши свети обители.
Той обаче не спрял дотук - предприел обиколка из епархията си и говорел, че от нечестив източник тече нечист поток и каля нашата земя. Сочел към София и викал: “Краят на големците тамо наближава. Часът на отмъщението скоро ще удари”. Владиката Константин пък от Враца праща окръжно до всички свещеници да не споменават името на княза. В тяхна защита се явява и екзарх Йосиф от Цариград.
На 14 февруари владиката отново държи проповед пред търновското множество по повод на обявяване на годежа на Фердинанд и Мария Луиза. Той не споменава името нито на княза, нито на министрите и казва, че вярата ни не може да бъде друга освен православната и обругава “католика, който имал за цел да измени праотечествената ни православна вяра”. Народът го възхвалява, но на следващия ден в града пристигат председателят на Народното събрание Захари Стоянов и депутатите Иван Халачев и Захари Градинаров. Братът на Стамболов организира поддръжниците на режима и те нахлуват в митрополията, измъкват Климент от владенията му и го заточават в Петропавловския манастир над Лясковец.
Тълпата разпилява книжата му и намира два вързопа - един от тетрадки, а друг от писма. В тетрадките са неговите стихотворения, балади и любовна лирика. В две от писмата обаче има доста интимни моменти за живота им с врачанския владика Константин. Там са и “Писмата му до Дора – за възпитанието на девиците”. Противниците му изчитат тези писма и някои от сонетите му, решават да ги публикуват, за да съсипят двамата владици морално. Но Стамболов отсича: “Ние гоним политикана Климент, който е станал руско оръдие. Неговите сонети, балади и други са негово вътрешно мировъзрение. За туй негово вътрешно съкровено чувство, за тия негови страсти ние нямаме право и не можем да бъдем съдии. Същото и за писмата. Те не повреждат държавата и отечеството - а тях и тяхната душа”.
И Стамболов разпорежда да му се върнат съчиненията. Климент ги изгаря, за да прикрие факта, че вместо проповеди е писал любовни стихове.
На 28 май 1893 година владиката е обвинен с мотив, че обидил особата на княза и подстрекавал населението да въстане срещу него. Главен обвинител е адвокатът Ганьо Чолаков, на когото Климент е плащал юридическото образование в Русия. Той му издейства доживотно заточение.
Съдебни заседатели пък са трима селяни, но верни на Стамболов. По повод делата на адвоката Алеко Константинов пише “Пази боже, сляпо да прогледа” и го използва за прототип на “Бай Ганьо.”
Митрополит Климент пък е защитаван от Теодор Теодоров и Константин Стоилов – и двамата министър-председатели в различни години. През юли се гледа обжалването в Апелативния съд. Присъдата е намалена на 3 години заточение в Гложенския манастир. В действителност митрополит Климент прекарва там само 9 месеца.
Помилван е от Фердинанд на 1 март 1894 г., но е освободен след падането на Стамболов от власт на 18 май. През 1895 г. е пратен от Фердинанд в Русия, за да възстановява добрите отношения с тази страна.
Среща се с външния министър княз Лобанов Ростовцки и Николай II и след като изслушва приветствието му, руският император заявява: “Надявам се, че в скоро време добрите отношения между България и Русия ще се възстановят”.
Клирът започва да се меси в политиката веднага след Освобождението
Още през 1880 г. в месеците веднага след края на временното руско управление е съставена комисия от митрополитите Григорий Русенски, Симеон Преславски, Милетий Софийски, Кирил Скопски и Климент и мирските богослови Т. Бурмов, М. Балабанов, Генчев и Ковачев, която има за цел да прегледа стария екзархийски устав и според него да се изработи устав на българската църква.
Владиците са задължени да го внесат в Учредителното събрание. Те го внасят дни преди края на събранието и той не се обсъжда. След няколко месеца руският комисар княз Дондуков предлага в управлението на църквата да влязат и миряни.
Това предложение е отхвърлено - и синодалните старци и до ден днешен управляват делата си.
За да размишляват върху делата на църквата, държавата им отпуска 10 000 лева. Три пъти се занимават с уредбата на църквата - все неуспешно. И Народното събрание намалява заплатите им и предлага на Драган Цанков, министър на външните работи, да вземе в свои ръце изготвянето на устава на църквата.
Той прави временни правила, но екзарх Йосиф протестира от Цариград и те са отхвърлени.
При закриване на сесията на Второто народно събрание пак внасят късно устава и този път Драган Цанков прави още промени. Пак не го приемат.
Тогава се събират всички синодални старци и протестират пред княз Батенберг.
В обществото се налага мнението, че митрополитите и либералното правителство искат да разрушат църковните правила и канони.
Владиците се ангажират с предизборната борба през юни 1881 г. и подстрекават народа да гласува срещу либералите. Вместо в църковните дела Климент отново се е хвърлил в дълбоките и съвсем небезопасни води на политиката.
След Съединението на Княжество България и Източна Румелия предлага да се изпрати делегация до император Александър, за да одобри и поддържа този важен акт. Предложението е прието и той е избран за ръководител на делегацията. Императорът им отказва, защото докато на власт е “това правителство той не можел да направи нищо”. Климент организира посрещането на княз Батенберг през 1885 след Сръбско-българската война. Отново пътува до Москва и се среща с Александър III с молба да вземе България под свой протекторат.
След абдикацията на княз Батенберг на 9 август 1886 г. митрополит Климент пак е избран за министър-председател. Неговото управление трае само 3 дни. Както свидетелстват историци, никой не обръщал внимание на това правителство, а всеки “питал за княза”. Тогава Стамболов му праща телеграма: “Поздравлявам та. Увенча си политическата кариера с нов венец. Да ти е честит. Народът няма да забрави, че ти си, който заби ножа в сърцето му. Да живееш!”
